Un programme britannique séquencera le génome de 100 000 nouveau-nés

Le Royaume-Uni devrait commencer à séquencer le génome de 100 000 nouveau-nés plus tard cette année. Il s'agira de la plus grande étude de ce type, cartographiant l'ensemble complet des instructions génétiques des bébés, avec des implications potentiellement profondes pour la médecine pédiatrique.

Le programme sur le génome du nouveau-né, doté de 105 millions de livres sterling (126 millions de dollars), permettra de dépister environ 200 maladies génétiques rares mais traitables, dans le but de réduire la douleur et l'anxiété indicibles des bébés et de leurs familles, qui ont parfois du mal à recevoir un diagnostic grâce à des tests conventionnels. En accélérant le processus de diagnostic, un traitement plus précoce des nourrissons pourrait empêcher le développement de nombreuses maladies graves.

L'étude verrait qu'environ un nouveau-né sur 12 en Angleterre serait dépisté sur une base volontaire sur deux ans. Il fonctionnera comme une extension des tests néonatals actuels, les résultats étant destinés à informer les décideurs politiques, qui pourraient ouvrir la voie à une généralisation du séquençage.

Néanmoins, le projet a soulevé de nombreuses questions éthiques de longue date concernant la génétique, le consentement, la confidentialité des données et les priorités en matière de soins de santé infantiles.

Au Royaume-Uni, comme dans de nombreux autres pays, les nouveau-nés sont dépistés pour un certain nombre de maladies traitables au moyen d'un petit échantillon de sang. Également connue sous le nom de test par piqûre au talon, cette méthode est courante depuis plus de 50 ans et couvre aujourd'hui neuf pathologies, dont la drépanocytose, la mucoviscidose et les maladies métaboliques héréditaires.

"La piqûre au talon aurait dû devenir obsolète depuis longtemps", affirme Eric Topol, cardiologue américain et professeur de médecine moléculaire au Scripps Research Institute, qui n'est pas lié à l'initiative britannique de séquençage. « C'est très limité et il faut des semaines pour obtenir la réponse. Parfois, les bébés qui présentent de graves anomalies métaboliques subissent déjà du tort.

Certaines conditions testées présentent des variations qui peuvent ne pas donner lieu à un résultat positif. Les conséquences peuvent changer la vie.

Un exemple est l’hyperthyroïdie congénitale, qui a un impact sur le développement et la croissance neurologiques et touche « un bébé sur 1 500 à 2 000 au Royaume-Uni », explique Krishna Chatterjee, professeur d’endocrinologie à l’Université de Cambridge. C'est le résultat d'une glande thyroïde absente ou sous-développée et peut être traitée avec l'hormone thyroxine, un médicament courant et bon marché. Mais si le traitement ne commence pas « au cours des six premiers mois de la vie, certaines de ces conséquences délétères sur le développement neurologique ne pourront être évitées ou inversées ».

Le programme sur les génomes du nouveau-né testera une ou plusieurs formes d'hypothyroïdie congénitale qui ne sont pas détectées par le test par piqûre au talon. « D’un seul coup, vous pouvez poser un diagnostic, et cela peut changer la donne – ou changer la vie – de cet enfant », explique Chatterjee.

Le programme est dirigé par Genomics England, qui fait partie du ministère britannique de la Santé et des Affaires sociales. Avec ses partenaires, elle a réalisé diverses études préparatoires, dont une consultation publique à grande échelle. Une étude de faisabilité est actuellement en cours pour évaluer si une piqûre au talon, un prélèvement de joue ou du sang de cordon ombilical seront utilisés pour le prélèvement, la qualité de l'échantillon d'ADN déterminant le choix final.

Genomics England affirme que chacune des 200 affections qui seront dépistées a été sélectionnée car il existe des preuves qu'elle est causée par des variantes génétiques ; cela a un effet débilitant ; un traitement précoce ou pré-symptomatique a un impact bénéfique sur la vie ; et le traitement est accessible à tous par l'intermédiaire du National Health Service (NHS) du Royaume-Uni.

Richard Scott, médecin-chef et directeur général adjoint de Genomics England, affirme que le programme vise à renvoyer les résultats du dépistage aux familles dans un délai de deux semaines et estime qu'au moins un bébé sur 200 recevra un diagnostic.

Les contrats de séquençage doivent encore être confirmés, même si l'un des concurrents est la société de biotechnologie américaine Illumina. Le scientifique en chef David Bentley affirme que la société a réduit le prix de son séquençage de 1 000 fois par rapport à son premier génome il y a 15 ans, et qu'elle peut désormais séquencer l'ensemble du génome humain pour 200 dollars.